Especialidades

Ing. de Computadores

Tutor

MACIA SOLER, HERMENEGILDA
RUIZ DELGADO, MARÍA CARMEN

Descripción y Objetivos

El objetivo de este TFG es  hacer una evaluación y selección de plataformas hardware para unas determinadas aplicaciones software desarrolladas para llevar a cabo el estudio y análisis de procesos biológicos.

Este estudio se realizará, sobre todo, desde el punto de vista de prestaciones y requerimientos hardware, por lo que se se enmarca dentro de la Tecnología específica de Ingeniería de computadores.

Las competencias que cubre dentro de la tecnología de Ingeniería de computadores son:

• Capacidad para analizar, evaluar, seleccionar y configurar plataformas hardware para el
  desarrollo y ejecución de aplicaciones y servicios informáticos.
• Capacidad para comprender, aplicar y gestionar la garantía y seguridad de los sistemas
  informáticos.
  

Es un trabajo multidisciplinar y consta de tres partes complementarias:

1. Parte biológica: visión general de los procesos biológicos a estudiar, desde la dinámica de poblaciones a las rutas metabólicas.
2. Parte matemática: modelos matemáticos que se utilizan para el modelado, desde las ecuaciones diferenciales a los modelos estocásticos, pasando por las redes de Petri.
3. Parte evaluación (hardware/software): descripción del proceso de evaluación, criterios de evaluación, selección de parámetros para este estudio, evaluación comparativa y conclusiones/recomendaciones.
   

Observación: Este TFG cuenta con 3 tutores
.- Edelmira Valero Ruiz (parte biológica)
.- M. Carmen Ruiz Delgado (parte software y hardware)
.- Hermenegilda Macià  Soler (parte matemática y software)

Metodología y Competencias

i) Qué son los procesos biológicos y la necesidad de modelarlos
ii) Modelos matemáticos y herramientas software para su estudio y análisis.
iii) Proceso y criterios de evaluación, selección de parámetros.
iv) Ejemplos de ejecución según plataforma/herramienta. Comparativa.

Medios a utilizar

Se estudiarán diferentes aplicaciones software para el estudio y análisis de procesos biológicos:

• Copasi: www.copasi.org

• SimBiology: http://www.mathworks.es/products/simbiology/

• Cell Illustrator: https://www.cellillustrator.com/

• Snoopy: http://www-dssz.informatik.tu-cottbus.de/DSSZ/Software/Snoopy

que se ejecutarán en diferentes plataformas  con distintas carácterísticas hardware que serán decididas en el transcurso del desarrollo del proyecto.

Bibliografía

•  Antti Pettinen , Tommi Aho, Olli-Pekka Smolander, Tiina Manninen, Antti Saarinen, Kaisa-Leena  Taattola, Olli Yli-Harja and Marja-Leena Linne

                    Simulation tools for biochemical networks: evaluation of performance and usability

              Bioinformatics, Vol. 21 no. 3 2005, pages 357–363, doi:10.1093/bioinformatics/bti018

 

•  Paolo Baldan, Nicoletta Cocco, Andrea Marin and Marta Simeoni

         Petri Nets for Modelling Metabolic Pathways: A Survey

Natural Computing (2010) 9:955-989, DOI 10.1007/s11047-010-9180-6

 

•  Yves Deville, David Gilbert, Jacques van Helden and Shoshana J. Wodak

                       An overview of data models for the analysis of biochemical pathways

         Briefings in Bioinformatics, Vol. 4, No3, 246-259, 2003

Asignación

El Trabajo Fin de Grado ha sido a asignado a Don/Doña RODRIGO GUILLÉN, RAFAEL