Tecnologías Específicas

Tecnologías de la Información

Descripcion y Objetivos

Tellerium es un entorno phyton para el modelado de sistemas biológicos. Este TFG consistirá en modelar con Tellerium modelos en el ámbito de medio-ambiente y aplicar testing sobre ellos. El testing tendrá dos vertientes, una es comparar el modelo con datos reales, cuando estos estén disponibles, y el otro ver qué modelos cumplen distintas propiedades de interés. Un ejemplo sencillo de aplicación sería la comparación de los distintos modelos de temperatura existentes y cómo se adaptan al caso particular de la ciudad de Albacete. También se estudiará la viabilidad de incorporar dichos modelos en  rutas metabólicas de plantas donde  la temperatura juega un papel importante.

Además  cada aplicación debe de estar documentada con detalle y claridad para poder ser utilzado por expertos del dominio con pocos conocimientos de programación.

 

Metodología y Competencias

Atendiendo a las competencias de la especilalidad de Tecnologías de la Información, aquí se resaltan las más esperadas que se trabajen en este TFG:

• Capacidad para comprender el entorno de una organización y sus necesidades en el ámbito de las tecnologías de la información y las comunicaciones.
• Capacidad para seleccionar, diseñar, desplegar, integrar, evaluar, construir, gestionar, explotar y mantener las tecnologías de hardware, software y redes, dentro de los parámetros de coste y calidad adecuados.
• Capacidad para emplear metodologías centradas en el usuario y la organización para el desarrollo, evaluación y gestión de aplicaciones y sistemas basados en tecnologías de la información que aseguren la accesibilidad, ergonomía y usabilidad de los sistemas.
• Capacidad para seleccionar, diseñar, desplegar, integrar y gestionar redes e infraestructuras de comunicaciones en una organización.
• Capacidad para seleccionar, desplegar, integrar y gestionar sistemas de información que satisfagan las necesidades de la organización, con los criterios de coste y calidad identificados.
• Capacidad de concebir sistemas, aplicaciones y servicios basados en tecnologías de red, incluyendo Internet, web, comercio electrónico, multimedia, servicios interactivos y computación móvil.
• Capacidad para comprender, aplicar y gestionar la garantía y seguridad de los sistemas informáticos.

 

Se seguirá la metodología SCRUM, aunque habrá una primera fase de formación en rutas metabólicas, estudio de los modelos y  familiración con el entorno Tellurium.

 

Medios a utilizar

Herramientas a utilizar:

• Tellurium 
• Phyton
• Docker

 

Bibliografía

• http://tellurium.analogmachine.org/
• Kiri Choi, J. Kyle Medley, Matthias König, Kaylene Stocking, Lucian Smith, Stanley Gu, Herbert M. Sauro. Tellurium: An extensible python-based modeling environment for systems and synthetic biology. Biosystems, Volume 171, 2018, Pages 74-79
• Medley JK, Choi K, König M, Smith L, Gu S, Hellerstein J, et al. (2018) Tellurium notebooks—An environment for reproducible dynamical modeling in systems biology. PLoS Comput Biol 14(6): e1006220. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006220
• Chow, D..H.C. and Levermore, G.J. New algorithm for generating hourly temperature values using daily maximum, minimum and average values from climate models.  Building Service Engineering 28(3):237-248, 2007
• Edelmira Valero, Hermenegilda Macià, Ildefonso M. de la Fuente, José-Antonio Hernández,  María-Isabel González-Sánchez, Francisco García-Carmona. Modeling the ascorbate-glutathione cycle in chloroplasts under light/dark conditions. BMC Syst. Biol.10; 11 (2016)